腎透明細(xì)胞癌中長鏈非編碼RNA SNHG12的生物信息學(xué)分析
摘要：目的:探討長鏈非編碼RNA(lncRNA)SNHG12在腎透明細(xì)胞癌(ccRCC)中的意義,并對SNHG12進(jìn)行靶基因預(yù)測,為SNHG12在ccRCC中的進(jìn)一步研究提供借鑒。方法:利用UALCAN數(shù)據(jù)庫分析ccRCC中SNHG12的差異表達(dá),并對SNHG12進(jìn)行生存分析;利用RegRNA2.0、HMDD、targetscan、starBasev3.0、microT-CDS平臺預(yù)測SNHG12的靶基因,構(gòu)建SNHG12-microRNAs-mRNAs調(diào)控網(wǎng)絡(luò);運(yùn)用FunRich平臺對預(yù)測的靶基因進(jìn)行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路富集分析。結(jié)果:SNHG12在ccRCC中的表達(dá)明顯增高,SNHG12高表達(dá)患者的總生存期較低表達(dá)患者明顯縮短。SNHG12上存在3個(gè)與ccRCC相關(guān)的microRNAs(hsa-miR-138-5p、hsa-miR-454-3p、hsamiR-497-5p)的可能結(jié)合位點(diǎn),從而調(diào)節(jié)下游的288個(gè)靶基因,構(gòu)成SNHG12-microRNAs-mRNAs調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。在生物學(xué)過程中,microRNA靶基因高度富集到堿基、核苷、核苷酸和核酸代謝調(diào)節(jié)等過程。KEGG通路分析中,microRNA靶基因高度富集到內(nèi)皮素、IFN-γ等介導(dǎo)的信號通路。結(jié)論:SNHG12在ccRCC中表達(dá)增高,有望成為ccRCC新的潛在生物學(xué)標(biāo)志物。利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行靶基因預(yù)測,可為后續(xù)SNHG12在ccRCC中的機(jī)制研究提供方向。
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生物技術(shù)通訊雜志
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