KRAS突變對(duì)人肺腺癌轉(zhuǎn)錄組影響的生物信息學(xué)分析
摘要：目的鼠肉瘤病毒致癌基因(Kirsten rat sarcoma viral oncogene,KRAS)突變型肺腺癌是臨床常見(jiàn)肺癌亞型,發(fā)病機(jī)制不清,預(yù)后不良。推測(cè)可能與KRAS突變對(duì)整個(gè)基因組的影響有關(guān)。本研究通過(guò)對(duì)KRAS突變型肺腺癌的轉(zhuǎn)錄組分析,探討其預(yù)后不良和耐藥的組學(xué)機(jī)制。為研究KRAS突變型肺腺癌的發(fā)病機(jī)制和臨床治療提供指導(dǎo)。方法從公共基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)(gene expression omnibus,GEO)中下載KRAS突變型肺腺癌的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù),首先利用R語(yǔ)言Impute程序包進(jìn)行數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,然后利用Limma程序包篩選差異基因,最后利用Robust rank aggregation算法篩選顯著性基因。為進(jìn)一步研究其表觀調(diào)控機(jī)制,我們利用R語(yǔ)言Clusterprofile程序包和STRING數(shù)據(jù)庫(kù)分別進(jìn)行了KEGG pathway分析和蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析。結(jié)果KRAS突變對(duì)全轉(zhuǎn)錄組影響復(fù)雜,包括改變細(xì)胞周期促進(jìn)腫瘤細(xì)胞異常增殖;影響白細(xì)胞介素-17信號(hào)通路促炎反應(yīng)導(dǎo)致免疫耐受,促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng);影響細(xì)胞色素P450信號(hào)通路導(dǎo)致耐藥。結(jié)論 KRAS突變能夠引起整個(gè)基因組發(fā)生異常變化,并與促進(jìn)腫瘤生長(zhǎng)、抑制抗腫瘤免疫以及耐藥相關(guān)基因的表達(dá)密切相關(guān)。
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轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)雜志， 雙月刊，本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向，堅(jiān)持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進(jìn)性、創(chuàng)新性，刊載內(nèi)容涉及的欄目：基礎(chǔ)研究、臨床研究、技術(shù)與方法、綜述等。于2012年經(jīng)新聞總署批準(zhǔn)的正規(guī)刊物。
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